干酪的顏色很大程序上決定于乳脂肪的顏色，并隨季節變化，色素諸如胡蘿卜素，安那妥等通常在允許使用色素的國家用于調整隨季節變化的色澤。葉綠色也有使用，如用于藍紋干酪中，與藍霉干酪相比產生一種“灰色”。
除了幾種類型的鮮干酪，如農家干酪，夸克干酪，它們的乳主要是通過乳酸來凝固，而其它所有干酪的生產全是依靠凝乳酶或類似酶的反應而形成凝塊。酪蛋白凝聚是干酪生產中的基本工序，通常情況下，這一過程由凝乳酶來完成。但其它的蛋白酶也能使用，通過酸化酪蛋白到其等電點(pH=4.6-4.7)的方法也能實現。凝乳酶中的主要活性成分是一種稱之為皺胃酶的酶。在凝乳酶加入乳中后，凝聚反應很快發生。這一過程的機制有多種理論，即使今天也沒有完全清楚。然而，有跡象表明，進行的過程可分為幾個階段，習慣上區別如下：
- 在凝乳酶作用下，酪蛋白轉化為副酪蛋白。
- 在鈣離子存在的情況下，副酪蛋白沉聚。
全部過程受乳的溫度、酸度和鈣含量及其他因素所控制。凝乳酶作用的適宜溫度在40℃左右，但實際使用的溫度要低一些，以避免凝塊過硬。凝乳酶采自年輕牛犢的胃并以液體的形式在市場上出售。其強度為1：10,000到1：15000，即一份凝乳酶在35℃下40分鐘內可凝聚10,000-15000 份牛乳。成年牛和豬凝乳酶也有使用，但通常要與牛犢凝乳酶復合（50：50，30：70等），粉未狀的凝乳酶的活力通常是液體凝乳酶活力的十倍。
動物凝乳酶的替代品
大約50年前，研究人員就開始尋找其他酶類代替動物凝乳酶，最近，這項工作首先在印度和以色列展開，因為素食者拒絕食用用動物凝乳酶生產的干酪。在穆斯林世界，使用豬凝乳酶是絕對不行的，這是又一個為什么要尋找一種適合的代用品的主要原因。近年來，由于高質量動物凝乳酶的缺乏，對代用品的興趣越來越受到廣泛重視。
有兩種主要類型的代用凝固劑：
- 來自于植物的凝固用酶，
- 來自于微生物的凝固用酶。
研究表明，來自“植物酶”的制劑的凝結能力通常不錯，但有一個缺陷是使干酪在貯存過程中經常出現苦味。許多不同類型的“細菌和霉菌”都已被研究過，并且生產的凝固用酶已知有不同的商標。最近，DNA技術被加以利用，并且有一種和牛犢凝乳酶一致的DNA凝乳酶在進行其安全性的實驗檢查。
